YUNITA, ELMA (2017) EKPSLORASI GEN KETAHANAN TERHADAP HAWAR DAUN BAKTERI (Xanthomonas oryzae pv. oryzae) PADA GALUR-GALUR PADI BERDASARKAN ANALISIS MOLEKULER DAN UJI KETAHAHAN TERHADAP ISOLAT BAKTERI Xoo. S1 thesis, UNIVERSITAS SULTAN AGENG TIRTAYASA.
![[img]](https://eprints.untirta.ac.id/style/images/fileicons/text.png) |
Text
EKPSLORASI GEN KETAHANAN TERHADAP HAWAR DAUN BAKTERI (XANTHOMONAS ORYZAE PV. ORYZAE) PADA GALUR-2.PDF Restricted to Registered users only Download (2MB) |
Abstract
Exploration Gene Resistance towards Bacterial Leaf Blight (Xanthomonas Oryza pv. Oryzae) on Rice Lines Based on Molecular Analysis and Resistance Test to Xoo Bacterial Isolates. Bacterial Leaf Blight (BLB) disease is important for rice cultivation, which causes high yield losses, particularly in the rainy season reaches 20.6 to 35.6%, while in the dry season can reach 7.5 to 23.8%. An effective way to overcome the disease is to develop a resistant varieties. This study aimed to identify the BLB resistance gene in rice lines by molecular analysis and to identify the level of resistance of rice lines to Indonesian Xoo bacterial leaf blight isolates.This research was conducted at the Laboratory of Molecular Biology and Greenhouse Indonesian Center Agricultural Biotechnology and Genetic Resources Research and Development, from September 2016 to February 2017. Material used were collection of rice derived from BB Rice of 44 numbers consisting of 12 varieties or selected rice lines, 14 IRRI isogenic lines, and 18 numbers of rice lines from crossing. The result showed that the rice varieties not only have a single gene but many genes (multigenic). The molecular marker-assisted selection process was divided into two stages. Initial stage by using the parent of isogenic and crossing (DQ1 and DQ2) and was continued by identification of rice strains from crossing result. Initial selection was aimed to identify Xa/xa resistance genes in varieties and parent, were compared to band patterns of PCR result on allele of resistance genes of IRRI isogenic lines, whereas further selection aimed to identify lines from crossing, were suspected having Xa/xa gene introgration from the crossing material, based on initial selection results. The resistance test was performed by using clipping method with Xoo12-183 isolate. The result showed that the parent DQ1 has the genes of Xa7 and Xa21, whereas the parent DQ2 has the genes of Xa2 and Xa21. The resistance reaction showed that the reaction was slightly susceptible to DQ1 and DQ2.
| Item Type: | Thesis (S1) | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Contributors: |
|
|||||||||
| Additional Information: | Penyakit Hawar Daun Bakteri (HDB) yang disebabkan oleh bakteri Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo) tergolong penyakit penting di pada padi, karena menyebabkan kerugian hingga 50%. Penyakit ini dapat membentuk strain baru dan mematahkan gen tahan pada padi. Di Indonesia, kehilangan akibat penyakit ini dapat mencapai 30-50% khususnya pada varietas rentan seperti IR64. Penyakit ini akan selalu berkembang apabila kondisi tanaman tidak optimal akibat kurang suburnya lahan. Hal pertama yang perlu dilakukan dalam penyediaan sumber daya genetika yaitu dengan mengekplorasi sumber daya genetika yang telah dimiliki. Selain itu dilakukan pula uji ketahanan untuk memastikan bahwa sumberdaya genetika yang dimiliki memiliki karakter yang sesuai dengan hasil ekplorasi. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi gen ketahanan HDB pada varietas galur-galur padi menggunakan marka molekuler dan untuk dapat mengetahui tingkat ketahanan galur-galur padi tersebut terhadap isolat hawar daun bakteri Indonesia. Penelitian ini dilaksanakan pada bulan September 2016−Februari 2017 di Laboratorium Biologi Molekuler dan rumah kaca Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian (BB Biogen Bogor. Penelitian ini mengunaan metode deskriptif kualitatif pada tahap seleksi berbantu penanda molekuler dan uji ketahanan, dan menggunakan metode deskriptif kuantitatif pada analisa karakter agronomi padi. Bahan yang digunakan berupa materi genetik yang berasal dari BB Padi sebanyak 44 nomor, terdiri dari 12 varietas/galur padi terpilih, 14 galur isogenik IRRI dan 18 galur-galur padi hasil persilangan. Proses seleksi berbatu penanda molekuler dibagi menjadi dua tahap. Tahap awal dengan menggunakan tetua-tetua isogenik dan tetua persilangan (DQ1 dan DQ2) dan dilanjutkan dengan identifikasi galur-galur hasil persilangan. Seleksi awal bertujuan untuk mengidentifikasi gen ketahanan Xa pada varietas dan galur tetua dibandingkan dengan pola pita hasil PCR pada alel gen ketahanan isogenik IRRI, sedangkan seleksi lanjutan bertujuan untuk mengidentifikasi galur-galur padi hasil persilangan yang diduga memiliki intrograsi gen Xa dari tetua berdasarkan hasil identifikasi pada seleksi awal. Uji ketahanan dilakukan dilakukan di rumah kaca BB Biogen untuk serangan isolat Xoo12-183 yang merupakan bakteri strain IV. Serangan dilakukan dengan menginokulasi bakteri pada daun padi pada fase vegetatif dengan menggunakan metode gunting (clipping method), selanjutnya dilakukan dua kali pengamatan yaitu 14 HSI dan 21 HSI untuk mengetahui reaksi dari inokulasi tersebut. Hasil penelitian berbantu penanda molekuler menunjukkan pada seleksi awal diperoleh kandungan gen lebih dari satu (multigenik) dan tepilih tiga gen ketahanan yang digunakan untuk mengidentifikasi galur-galur hasil persilangan yaitu Xa2, Xa7, dan Xa21. Tetua DQ1 diduga memili dua gen yaitu Xa7 dan Xa21 sedangkan tetua DQ2 memiliki dua gen yaitu Xa2 dan Xa21. Pada uji vi ketahanan tetua DQ memiliki reaksi agak rentan dan tetua DQ2 memiliki reaksi rentan. Reaksi galur-galur keturunan DQ memiliki reaksi dari mulai tahan hingga agak rentan. Dan tetua RR beraksi rentan. Hal ini disebabkan karena pada proses pertahanan tanaman ketika fase vegetatif lebih rendah sehingga reaksi yang diperoleh kurang bagus. Simpulan yang diperoleh bahwa galur-galur hasil persilangan memiliki mengandung tiga gen ketahanan HDB yaitu Xa2, Xa7, dan Xa21. Tetua DQ1 memiliki gen Xa7 dan Xa21 yang bereaksi agak retan pada uji ketahanan yang dilakukan dirumahkaca, tetua DQ2 memiliki gen Xa2 dan Xa21 dan bereaksi rentan pada uji ketahanan. Untuk mengetahui keakratan yang lebih pada reaksi uji ketahanan disarankan untuk melakukan uji lanjut ke fase generatif. | |||||||||
| Subjects: | S Agriculture > S Agriculture (General) | |||||||||
| Divisions: | 04-Fakultas Pertanian 04-Fakultas Pertanian > 54211-Program Studi Agroekoteknologi |
|||||||||
| Depositing User: | Admin Eprints Untirta | |||||||||
| Date Deposited: | 29 Oct 2021 06:02 | |||||||||
| Last Modified: | 29 Oct 2021 06:02 | |||||||||
| URI: | http://eprints.untirta.ac.id/id/eprint/4091 |
Actions (login required)
 |
View Item |