PATNASARI, PUTRI (2019) IDENTIFIKASI PADI (Oryza sativa L.) LOKAL INDONESIA TERHADAP GEN YANG MENYANDIKAN RASA ENAK MELALUI MARKA SSR (Simple Sequence Repeats). S1 thesis, UNIVERSITAS SULTAN AGENG TIRTAYASA.
![[img]](https://eprints.untirta.ac.id/style/images/fileicons/text.png) |
Text
IDENTIFIKASI PADI (Oryza sativa L.) LOKAL INDONESIA TERHADAP GEN YANG MENYANDIKAN RASA ENAK MELALUI MARKA SSR (Simple Sequence Repeats).PDF Restricted to Registered users only Download (3MB) |
Abstract
Putri Patnasari. 2019. Identifikasi Padi (Oryza sativa L.) Lokal Indonesia Terhadap Gen yang Menyandikan Rasa Enak Melalui Marka SSR (Simple Sequence Repeats). Dibawah bimbingan Rusmana dan Susiyanti. Varietas lokal padi memiliki sifat tahan/toleran terhadap cekaman biotik maupun abiotik yang terjadi pada agroekosistem spesifik terkait. Faktor rasa dapat dijadikan sebagai parameter ukur dalam menentukan suatu kualitas tanaman dilihat dari sudut pemenuhan kebutuhan yang didapatkan. Berbagai metode menggunakan marka molekuler telah banyak diterapkan untuk pengujian varietas, di antaranya marka mikrosatelit atau marka SSR (Simple Sequence Repeats). Marka SSR memiliki beberapa keunggulan, di antaranya memiliki tingkat polimorfisme tinggi, bersifat kodominan, memiliki akurasi tinggi dan terdapat berlimpah di genom. Tujuan dari penelitian ini adalah mengidentifikasi padi lokal Indonesia yang mempunyai sifat rasa enak dan menentukan kekerabatan antar aksesi padi lokal Indonesia berdasarkan marka yang terpaut sifat rasa enak. Penelitian ini menggunakan metode deskriptif kuantitatif yang dilaksanakan di Greenhouse dan Laboratorium Bioteknologi, Fakultas Pertanian, Universitas Sultan Ageng Tirtayasa, serta di Laboratorium Bioteknologi PT. Sinar Mas Agro Resources and Technology (PT. SMART Tbk.) pada bulan Maret sampai dengan bulan Agustus 2018. Penelitian ini diawali dengan isolasi DNA dari daun padi dengan metode Doyle & Doyle (1987) yang termodifikasi menggunakan 6 marka SSR diantaranya RM510, GBSS1, SBE1, SS1, AMS, dan CBG. Selanjutnya adalah proses PCR yang hasilnya dielektroforesis menggunakan gel agarose 1% dengan pewarnaan gel red dan hasilnya didokumentasikan dengan Chemidoc Transilluminator EQ Biorad. Hasil amplifikasi adalah gambar band (pita DNA) diberi nilai (scoring) berupa nilai biner untuk membentuk dendogram dengan program NTSYS. Dendogram digunakan untuk melihat tingkat kekerabatan antara 20 padi yang diuji. Hasil amplifikasi 6 primer marka SSR terpaut sifat rasa enak pada 20 aksesi atau varietas menunjukkan adanya alel bersifat polimofis. Hasil analisis kekerabatan genotipe dari 20 aksesi atau varietas padi berdasarkan 6 marka SSR mengelompok menjadi 3 klaster pada pada nilai kemiripan (similarity level) 0,788 atau 78,8%. Semua aksesi padi lokal Indonesia yang berada di klaster I (Tunggul Hideung, Kewal Bulu Hideung, Kuriak Kusuik Tinggi, Bendang Pulau, Roti, Kewal Sampai Putih, Bulu Putih, Kewal Benur, Kambang, Cerai, Pandan Wangi, Amas, Situ Bagendit, dan Pandan Ungu) ataupun klaster III (Pare Ketan dan Pare Gajah) diduga memiliki kandidat gen sifat rasa enak karena kemiripannya masih dekat atau tinggi yaitu sebesar 0,78 atau 78% dengan varietas yang dijadikan sebagai kontrol positif sifat rasa enak yaitu Rojolele Delanggu, Ciherang, Cisadane, dan IR64. Tetapi untuk aksesi Pare Ketan dan Pare Gajah karena mengelompok sendiri dan memiliki keragaman atau jarak genetik yang tinggi dengan aksesi atau varietas lainnya maka diduga gen rasa enak pada kedua varietas tersebut tidak dominan. Hasil penelitian ini dapat dijadikan sebagai acuan guna penelitian lebih lanjut dan diperlukan pengujian fenotipe, organoleptik serta analisis fisikokimia dari setiap aksesi atau varietas padi yang perlu diamati.
| Item Type: | Thesis (S1) | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Contributors: |
|
|||||||||
| Additional Information: | Putri Patnasari. 2019. Identification of Indonesian Local Rice (Oryza sativa L.) Towards Genes that Encode Good Taste Through SSR Markers (Simple Sequence Repeats). Under the Guidance of Rusmana and Susiyanti. This research aims to identify local Indonesian rice that has good taste and determines kinship between Indonesian local rice accessions based on markers that adhere to good taste. It was conducted at the Greenhouse and Biotechnology Laboratory, Faculty of Agriculture, Sultan Ageng Tirtayasa University, and at the Biotechnology Laboratory of PT. Sinar Mas Agro Resources and Technology (PT. SMART Tbk.) from March to August 2018. It was started with DNA isolation, DNA quality testing, agarose gel electrophoresis, DNA amplification using PCR techniques and data analysis with NTSYS. The amplification results of 6 primary SSR markers adhering to good taste properties in 20 accessions or varieties showed the presence of alleles that were polymophysic. The genotype kinship analysis results of 20 rice accessions or varieties based on 6 SSR markers grouped into 3 clusters at a similarity level of 0.788 or 78.8%. All Indonesian local rice accessions in cluster I (Tunggul Hideung, Kewal Bulu Hideung, Kuriak Kusuik Tinggi, Bendang Pulau, Roti, Kewal Sampai Putih, Bulu Putih, Kewal Benur, Kambang, Cerai, Pandan Wangi, Amas, Situ Bagendit, and Pandan Ungu) or cluster III (Pare Ketan and Pare Gajah) are thought to have good taste candidate genes because the resemblance is still close or high at 0.78 or 78% with varieties that are used as a positive control of good taste, Rojolele Delanggu, Ciherang, Cisadane, and IR64. But the accession of Pare Ketan and Pare Gajah groups themselves and has a high diversity or genetic distance with accession or other varieties, it is suspected that the delicious taste gene in both varieties is not dominant. Key words: good taste, local Indonesian rice, similarity level, SSR markers. | |||||||||
| Subjects: | S Agriculture > S Agriculture (General) | |||||||||
| Divisions: | 04-Fakultas Pertanian 04-Fakultas Pertanian > 54211-Program Studi Agroekoteknologi |
|||||||||
| Depositing User: | Admin Eprints Untirta | |||||||||
| Date Deposited: | 07 Oct 2021 08:09 | |||||||||
| Last Modified: | 07 Oct 2021 08:09 | |||||||||
| URI: | http://eprints.untirta.ac.id/id/eprint/2284 |
Actions (login required)
 |
View Item |