SUCIYANTI, DELLA (2017) PENGEMBANGAN MARKA SNAP (Single Nucleotide Amplified Polymorphism) PADA KEDELAI (Glycine max (L.) Merr.) BERDASARKAN DATA NGS (Next Generation Sequencing). S1 thesis, UNIVERSITAS SULTAN AGENG TIRTAYASA.
![[img]](https://eprints.untirta.ac.id/style/images/fileicons/text.png) |
Text
PENGEMBANGAN MARKA SNAP PADA KEDELAI BERDASARKAN DATA NGS.PDF Restricted to Registered users only Download (1MB) |
Abstract
Wilis, Anjasmoro, and Tanggamus are Indonesian soybean varieties which are sequenced their whole genome using next generation sequncing (NGS) and identified their single nucleotide polymorphisms (SNPs) as can be searched at http://genome.litbang.pertanian.go.id. SNP can be detected using single nucleotide amflified polymorphism (SNAP). The purpose of this research was to design SNAP primer based on SNP identified in the three soybean genomes, to verify the SNAPs, and to use them for genotyping soybean germplasm. Results of this study revealed that 10 pairs of SNAP primers were successfully developed to verify existence of the SNP in the soybean genome of Anjasmoro, Wilis, Tanggamus. The total of population 67 genotype consisted of 35 mutant lines and 2 control varieties, and 30 introducing varieties from Korea were successfully genotyped using the verified 10 SNAP primers.
| Item Type: | Thesis (S1) | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Contributors: |
|
|||||||||
| Additional Information: | Kedelai (Glycine max (L.) Merr.) merupakan komoditas pangan utama di Indonesia setelah komoditas padi dan jagung. Saat ini telah banyak varietas unggul baru (VUB) kedelai yang dilepas termasuk genotipe unggul Wilis, Anjasmoro, dan Tanggamus. Kedelai Indonesia genotipe tersebut sudah diidentifikasi keberadaan SNP (Single Nucleotide Polymorphism) hasil NGS (Next Generation Sequencing). SNP tersebut sudah dikemas di http://genom.litbang.pertanian.go.id. SNP ini dapat dideteksi dengan primer SNAP (Single Nucleotide Amplified Polymorphism). Tujuan penelitian ini adalah untuk mendesain primer SNAP berdasarkan SNP yang diidentifikasi pada kedelai hasil NGS, untuk verifikasi primer SNAP hasil desain dan untuk melakukan genotyping koleksi genotipe kedelai menggunakan primer SNAP yang terverifikasi. Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Biologi Molekuler Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumberdaya Genetik Pertanian (BB Biogen) Bogor pada bulan Oktober – Desember 2016. Penelitian ini menggunakan metode deskriptif kualitatif. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa sebanyak sepuluh primer SNAP telah berhasil dikembangkan untuk memverifikasi keberadaan SNP dalam genom kedelai genotipe Anjasmoro, Wilis, Tanggamus. Genom dari ketiga genotipe tersebut keberadaannya sesuai dengan alel reference (William 82). Total primer SNAP yang mendeteksi SNP adalah sebanyak 100%. Primer SNAP yang terverifikasi berhasil mengidentifikasi variasi genetik 67 genotipe kedelai termasuk 2 genotipe kontrol, 35 genotipe mutan, dan 30 genotipe introduksi Korea. SNP telah memverifikasi alel dominan dan minor pada kelompok kedelai mutan maupun kedelai introduksi Korea. Persentase frekuensi alel kedelai mutan menunjukkan nilai sebaran alel tertinggi pada SOY-SNAP 1,4 L dan SOY-SNAP 2,1 L sebesar 100%, sedangkan pada kedelai introduksi Korea menunjukkan nilai sebaran alel tertinggi pada SOY-SNAP 2,1 L sebesar 96,67%. Penyebaran SNP pada 40 genotipe kedelai mutan besarnya koefisien kesamaan genetik antar genotipe kedelai berkisar 0,60 sampai 1,00. Pada 30 genotipe kedelai introduksi korea besarnya koefisien kesamaan genetik antar genotipe kedelai berkisar 0,54 sampai 1,00. Marka SNAP ini bermanfaat untuk menginvestigasi variasi genetik kedelai dan informasi variasi genetik kedelai genotipe mutan dan kedelai genotipe introduksi Korea untuk membantu pemilihan tetua persilangan pada kegiatan pemuliaan tanaman. | |||||||||
| Subjects: | S Agriculture > S Agriculture (General) | |||||||||
| Divisions: | 04-Fakultas Pertanian 04-Fakultas Pertanian > 54211-Program Studi Agroekoteknologi |
|||||||||
| Depositing User: | Admin Eprints Untirta | |||||||||
| Date Deposited: | 01 Nov 2021 03:25 | |||||||||
| Last Modified: | 01 Nov 2021 03:25 | |||||||||
| URI: | http://eprints.untirta.ac.id/id/eprint/4172 |
Actions (login required)
 |
View Item |