Nopiasari, Nopiasari (2017) IDENTIFIKASI PLASMA NUTFAH BEBERAPA AKSESI PADI (Oryza sativa L.) LOKAL BANTEN BERBASIS GEN AROMATIK MELALUI METODE SSR. S1 thesis, UNIVERSITAS SULTAN AGENG TIRTAYASA.
![[img]](https://eprints.untirta.ac.id/style/images/fileicons/text.png) |
Text
IDENTIFIKASI PLASMA NUTFAH BEBERAPA AKSESI PADI (ORYZA SATIVA L.) LOKAL BANTEN BERBASIS GEN AROM.PDF Restricted to Registered users only Download (4MB) |
Abstract
The aroma on rice arises because the plant has a gene that controls the nature of the aroma. This study aims to identify the local Banten accession of rice which has an aromatic gene through primary SSR markers adrift of aromatic gene and to knows the progeny.This research was begins with DNA isolation, quantitative and qualitative DNA tests, DNA amplification by PCR technique and data analysis with Gel Analyzer, Power Marker and NT-SYS. The results show that 6 primary SSR linked with aromatic gene markers, and the alleles are polymorphic (100%) and highly informative. Primer RM 223 has heterozygosity (0,03) and second highest diversity (0,90). The highest value of PIC was primer RM 9 with 0,92. Thus RM 223 and RM 9 can be recommended as encoding aromatic genes. The result of progeny analysis were 2 main groups namely group A (aromatic) and group B (non-aromatic). Group A consists of 2 subgroups, A1 with genetic similarity of 0,68-0,79 contained 20 accessions of rice and A2 with genetic similarity of 0,64-0,79 contained 3 accessions of rice. Group B consists of 2 subgroups where B1 with a genetic similarity of 0,59-0,79 contained 10 accessions of rice, and B2 with a genetic similarity of 0,59 contained 1 accession of rice.
| Item Type: | Thesis (S1) | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Contributors: |
|
|||||||||
| Additional Information: | begitupula di daerah Banten. Masyarakat umumnya menyukai padi dengan rasa dan aroma yang enak. Aroma pada padi timbul karena tanaman memiliki gen yang mengendalikan sifat aroma. Polymerase chain reaction (PCR) adalah suatu metode in vitro untuk menghasilkan sejumlah besar fragmen DNA spesifik dengan panjang dan sekuens yang telah ditentukan dari sejumlah kecil template kompleks. Simple Sequence Repeat (SSR) merupakan salah satu metode PCR yang mempunyai hubungan dengan gen aromatik.Tujuan dari penelitian ini ialah: (1) Mengidentifikasi aksesi padi lokal Banten yang mempunyai gen aromatik; (2) Menguji beberapa primer terpaut gen aromatik pada beberapa aksesi padi lokal Banten;(3) Mengetahui kekerabatan dari aksesi padi lokal Banten berdasarkan marka yang terpaut gen aromatik. Penelitian ini menggunakan metode kuantitatif deskriptif. Isolasi DNA dilakukan dengan metode Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide (CTAB), dilanjut dengan uji kuantitas dan kualitas DNA, dan Amplifikasi PCR dengan 6 primer marka SSR. Selanjutnya dilakukan analisis dengan program Gel Analyzer dan Power Marker untuk menentukan nilai Polymorphic Information Content (PIC). Nilai PIC berbentuk data skoring yang digunakan dalam melihat tingkat kekerabatan antar galur dengan menggunakan program Numerical Taxonomy and Multivariate System (NT-SYS). Hasil uji 6 primer marka SSR terpaut gen aromatik terhadap 34 aksesi padi menunjukkan adanya alel bersifat polimorfis (100%) dan sangat informatif. RM 223 memiliki nilai heterosigositas 0,03 dan nilai keragaman 0,90 (tertinggi ke dua), sedangkan RM 9 memiliki nilai PIC tertinggi yakni 0,92. Sehingga primer RM 223 dan RM 9 dapat direkomendasikan sebagai marka gen aromatik. Hasil dari analisis kekerabatan 34 aksesi plasma nutfah padi terdapat 2 kelompok utama yaitu kelompok A (aromatik) dan kelompok B (non-aromatik). Kelompok A terdiri atas 2 sub kelompok, dimana A1 dengan kesamaan genetik 0,68-0,79 terdapat Rabeg, Rumbah, Cere Lintang, Manikan, Caok, Jalawara Hawara, Jalawara, Rojolele, Pare Racik, Godok, Mayang, Carogol, Segubal, Konjal, Beureum Batu, Tambleg, Pare Jaketra, Pondok Leger, Seungkeuhan dan Waren. Sub kelompok A2 dengan kesamaan genetik 0,64-0,79 terdapat Pare Emas, Kapundung dan Cireh Hideung. Kelompok B terdiri atas 2 sub kelompok, dimana B1 dengan kesamaan genetik 0,59-0,79 terdapat Care Wari, Care Beureum, Cokrom, Ciherang, Kewal Bulu Hideung, Maninjau, Seren, Sidenuk, Tampai Beureum dan Mira. Dan B2 dengan kesamaan genetik 0,59 terdapat Pare Caok. Hasil dari penelitian ini dapat dijadikan sebagai acuan guna penelitian lebih lanjut dan diperlukan analisis lebih lanjut terkait kualitas dan kuantitas aroma secara organoleptik dan kimiawi. | |||||||||
| Subjects: | S Agriculture > S Agriculture (General) | |||||||||
| Divisions: | 04-Fakultas Pertanian 04-Fakultas Pertanian > 54211-Program Studi Agroekoteknologi |
|||||||||
| Depositing User: | Admin Eprints Untirta | |||||||||
| Date Deposited: | 29 Oct 2021 08:33 | |||||||||
| Last Modified: | 29 Oct 2021 08:33 | |||||||||
| URI: | http://eprints.untirta.ac.id/id/eprint/4119 |
Actions (login required)
 |
View Item |