JAENUDIN, JAJA (2019) KERAGAMAN GENOTIP PADI LOKAL MENGGUNAKAN MARKA MOLEKULER Sequence Tagged Site GEN Pita, Pia, Pii, Pikp TERKAIT KETAHANAN TERHADAP PENYAKIT BLAS. S1 thesis, UNIVERSITAS SULTAN AGENG TIRTAYASA.
![[img]](https://eprints.untirta.ac.id/style/images/fileicons/text.png) |
Text
KERAGAMAN GENOTIP PADI LOKAL MENGGUNAKAN MARKA MOLEKULER Sequence Tagged Site GEN Pita, Pia, Pii, Pikp TERKAIT KETAHANAN TERHADAP PENYAKIT BLAS.PDF Restricted to Registered users only Download (3MB) |
Abstract
Jaja Jaenudin. 2019. Keragaman Genotip Padi Lokal Menggunakan Marka Molekuler Sequence Tagged Site Gen Pita, Pia, Pii, Pikp Terkait Ketahanan Terhadap Penyakit Blas. Dibimbing oleh Sulastri Isminingsih, Putra Utama dan Siti Yuriyah Padi merupakan salah satu tanaman penting bagi sebagian masyarakat di dunia, termasuk di Indonesia. Dalam budidaya tanaman padi, penyakit blas dapat menurunkan produksi padi. Penggunaan varietas padi tahan blas adalah cara paling efisien untuk mengendalikan penyakit blas yang disebabkan oleh cendawan Pyricularia oryzae Cav. Dalam perakitan varietas tahan sangat dibutuhkan data keragaman genotip yang memiliki gen tahan terhadap penyakit tersebut. STS (Sequence Tagged Site) merupakan salah satu marka yang dapat mendeteksi keragaman genetik bersifat polimorfisme, kodominan dan menghasilkan amplifikasi yang stabil. Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Biologi Molekuler Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumberdaya Genetik Pertanian pada bulan November 2018 sampai dengan Februari 2019 secara deskriftif kualitatif. Penelitian ini menggunakan 119 sampel padi lokal dari beberapa daerah di Indonesia, 4 galur monogenik IRBL (IRBLa-A, IRBLta2-Re, IRBLi-F5 dan IRBLkp-k60) sebagai kontrol tahan, dan 2 kontrol peka (IR64 dan LTH (Lijiang Xin Tuan Heigu)). Marka yang digunakan adalah marka STS (Sequence Tagged Site) dengan 8 primer yaitu Pita403 dan ITS mengandung gen Pita, Piablas1 dan Piablas2 mengandung gen Pia, Pii2 dan Pii3 mengandung gen Pii, serta Pikp2 dan Pikp3 yang mengandung gen Pikp. Hasil Penelitian menunjukkan bahwa penggunaan 8 primer dapat mendeteksi keragaman genetik pada 119 galur padi lokal terkait gen target Pita, Pia, Pii dan Pikp. Primer yang mendeteksi gen ketahanan terhadap penyakit blas paling banyak adalah primer Pikp2 sebanyak 26 galur, disusul dengan primer ITS sebanyak 22 galur, primer Pii2 sebanyak 19 galur, primer Pikp3 sebanyak 8 galur, primer Pii3 sebanyak 4 galur, primer Pita403 sebanyak 3 galur, primer Piablas1 sebanyak 3 galur dan primer Piablas2 sebanyak 2 galur yang mengikuti kontrol tahan. Analisis dendogram kemiripan padi lokal menunjukkan bahwa tidak terdapat galur yang memiliki kemiripan 100% dengan kontrol IRBLta2-Re dan IRBLa-A terkait gen target Pita dan Pia, sedangkan pada gen target Pii dan Pikp terdapat satu galur yang memiliki kekerabatan 100% dengan kontrol IRBLi-F5 dan IRBLkp-k60 yaitu galur 2018-326 asal Jawa Barat dan 2018-271 asal Riau. Sebanyak 17 galur memiliki lebih dari satu gen target sifat tahan terhadap penyakit blas dengan matriks kemiripan yang bervariasi, yaitu 14 galur memiliki nilai matriks kemiripan sebesar 0,25; 1 galur sebesar 0,29 dan 2 galur sebesar 0,38. Kata Kunci : Oryza sativa L, Pyricularia oryzae Cav, Marka Molekuler, Galur Monogenik.
| Item Type: | Thesis (S1) | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Contributors: |
|
||||||||||||
| Additional Information: | Jaja Jaenudin. 2019. Genotype Diversity of Local Rice Using Sequence Tagged Site Molekular Marker for Pita, Pia, Pii, Pikp Resistance Genes of Blast Disease. Supervised by Sulastri Isminingsih, Putra Utama, and Siti Yuriyah. Rice (Oryza sativa L.) is the important crops in the world, including Indonesia. The most efficient way to control blast disease in rice is using resistant rice varieties. The aim of this research was to identify genotype diversity of 119 local rice from several regions in Indonesia with four monogenic lines (IRBLa-A, IRBLta2-Re, IRBLi-F5 and IRBLkp-k60) as resistant controls, and 2 sensitive controls (IR64 and LTH). The STS markers were used in this research with eight primers, consist of Pita403 and ITS to detect the Pita gene, Piablas1 dan Piablas2 to detect Pia gene, Pii2 and Pii3 to detect Pii gene, Pikp2 and Pikp3 to detect Pikp gene. The results of this research showed that the primers detected the most resistance to blast disease were 26 lines to Pikp2, followed by 22 lines to ITS, 19 lines to Pii2, 8 lines to Pikp1, 4 lines to Pii3, 3 lines to Pita403, 3 lines to Piablas1 and 2 lines to Piablas2 primers which followed by the resistant control. Dendogram analysis showed that there were no rice line which had 100% similarity with IRBLta2-Re and IRBLa-A related to the Pita and Pia genes, for Pii and Pikp genes there was one line that had 100% similarity with IRBLi-F5 and IRBLkp-k60, namely 2018-326 from West Java and 2018-271 from Riau. 17 lines has more than one target resistant gene of blast disease with variety of similarity value are : 14 line has similarity value is 0,25, 1 lines is 0,29 and 2 lines are 0,38. Keywords: Oryza sativa L, Pyricularia oryzae Cav, Molecular marker, Monogenic lines. | ||||||||||||
| Subjects: | S Agriculture > S Agriculture (General) | ||||||||||||
| Divisions: | 04-Fakultas Pertanian 04-Fakultas Pertanian > 54211-Program Studi Agroekoteknologi |
||||||||||||
| Depositing User: | Admin Eprints Untirta | ||||||||||||
| Date Deposited: | 08 Oct 2021 03:32 | ||||||||||||
| Last Modified: | 08 Oct 2021 03:32 | ||||||||||||
| URI: | http://eprints.untirta.ac.id/id/eprint/2366 |
Actions (login required)
 |
View Item |